A continuación, lo que en teoría debería ser una ilusionante campaña 36/37 sumido en Regional con el objetivo de volver a Segunda División lo antes posible, se transforma en un periodo de inactividad obligada a consecuencia de la Guerra Civil. En la temporada 39/40 reemprenden sus actividades, participando en el campeonato de Segunda División al ser invitados por la FEF al tratarse del club más ilustre de la capital gaditana, camiseta de dinamarca obteniendo el liderato en el Grupo V de forma sorprendente pero sin duda merecida.