En Mulegé está la tercera misión de Baja California Sur: Santa Rosalía de Mulegé. Pocos kilómetros al sur de Mulegé se halla la Bahía de Concepción con algunos de los más espectaculares paisajes de la península de Baja. En tiempos de la conquista, esta comunidad habitaba en una pequeña isla del río Lacantún, camiseta españa futbol en el extremo sur de la selva. Construída hace 300 años en piedra con forma de “L” y rodeada de cáctus, fue abandonada un siglo después por falta de población aunque en su interior todavía se conservan una estatua de Santa Rosalía y una campana, ambas del siglo XVIII.